近年来，广东数字出版产业尽管发展迅猛，但与广东国民经济的发展势头相比仍显滞后，与国内外数字出版先进地区同行业相比差距还很大。制约广东数字出版产业快速发展的主要问题有：
传统出版单位对数字出版热情不高，动力不足。一方面由于体制原因，传统出版单位面对新技术的冲击缺乏危机感，另一方面，从业人员对数字出版缺乏研究和认识，习惯于旧的业态。出版单位找不到数字出版的赢利模式，同时也担心数字出版物会冲击纸媒介。
技术提供商对自身的数字出版技术推介不够。在数字出版产业发展中一路领先的技术提供商，对于自身技术和平台的宣传和推介做得不够充分,未能将业已成熟的数字出版技术及时转化为内容生产力。而在现有的条件下，技术提供商又无法独力将内容提供和技术提供集于一身，因而也制约了数字出版的快速发展。
数字出版法律法规滞后。网络传播信息在技术上几乎没有条件限制，作品不仅可以被很方便、精确、逼真地进行复制，而且也可被任意删改或者移植。对于作品的版权所有者来说，其作品常常未经授权就会被任意传播给大量的读者。数字出版维权困难重重，行政执法头绪多、难落实，所运用的监管手段也比较落后，对网络作品无法实施实时动态、统一、有效的监控，等等，数字出版领域的版权保护不力成为影响行业健康发展的严重障碍。
数字内容监管难度加大。数字内容发布的个性化、便捷化，阅读器和阅读方式的多样性，都给内容的监管带来了极大的困难。按媒介形态划分监管主体和监管对象在实际操作中将越来越难以把握。即时印刷、按需印刷和异地印刷等为小批量和绝版出版物的出版提供了方便，同时也为盗版和非法出版物的印刷提供了方便，将给市场监管带来更大的难度。
技术标准不统一。我国的数字出版标准化问题长期得不到解决，成为困扰数字出版发展的难题之一。主要原因有：在互联网领域，中文标准严重缺失，4000项国际标准中只有3项由中国制定；除了互联网基础性标准外，数字出版产业的标准化还包括出版元数据的标准化、网络出版的标准化、出版物流系统的标准化等。然而，我国目前数字出版的技术系统和装备系统缺乏行业的总体标准，缺乏统一的标准和文本格式，各技术提供商生产的电子阅读设备在文本格式上不能兼容，导致用户必须使用不同的阅读器，增加了用户的阅读成本，无形中也造成数字图书用户的不断流失。
资金投入不足。新闻出版行政部门没有专门的科技发展基金，更谈不上数字出版科技项目预留资金。对编印发的信息化和新媒体的开发投入不足，在目前未能找到有效的赢利模式的情况下，很可能会得不偿失。数字出版尽管诱人，但对于传统出版单位而言，数字出版的眼前利益不大，许多传统出版单位由于没有支付出版数字化改造成本的能力而难言热情。
资源缺乏整合，产业链未能有效形成。在产业链上游，技术提供商对数字出版期待过热，传统出版单位态度偏冷；在产业链的中游，网络运营商数据整理存在很大相似性，浪费较大；在产业链的下游，电子图书、数字期刊等的营销过度依赖机构消费者，尚未促成一般读者的自主性消费。产生这些现象的原因是，在签订数字出版版权授权合同时，传统出版单位是靠供应内容而获得相应回报，不直接面对市场；而技术提供商或网络运营商则通过向市场供应内容而实现利润。
技术提供商一般占销售收入的六成左右，而出版单位得到的销售收入中还要拿出6%~8％的版税供作者分享。手机出版也是如此，作为“卖场”的提供者处于垄断地位，不但占去五成的利润分成，而且合作方式也是自主定价，往往凸现垄断的意志和局限。目前数字出版的运作模式完全取决于诚信，涉及利益分配的销售数据（如点击率）不透明，缺少第三方监控，很多作者对于是否授权网络出版心存疑虑。
数字出版人才奇缺。数字出版的核心竞争力是技术创新能力和管理能力，而提升技术创新能力和管理能力的关键是人才。在传统出版单位中，既懂技术又懂管理的新型复合高级人才极为匮乏，加之数字出版产品的研发、营销、管理人才也奇缺，这无疑更加剧了传统出版单位与新兴数字出版企业之间的竞争差距。
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